基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡與蛋白質(zhì)功能的關鍵蛋白質(zhì)預測研究.pdf

1、關鍵蛋白質(zhì)是生物體進行生存和繁衍所必需的蛋白質(zhì)，它的突變、去除或破壞將會導致生物體喪失某種功能甚至無法生存。關鍵蛋白質(zhì)的識別可以使人們從系統(tǒng)水平上理解生命活動的機理、發(fā)現(xiàn)致病基因、鑒定藥物標靶以及進行疾病診治和藥物設計等，因此，對其的研究極具理論意義和應用價值。此外，在后基因組時代，隨著高通量技術(shù)的發(fā)展，可獲得的蛋白質(zhì)功能及相互作用數(shù)據(jù)日益豐富，因此，關鍵蛋白質(zhì)的預測也逐漸成為新的研究熱點。
　　本文以酵母蛋白質(zhì)為研究對象，從網(wǎng)絡

2、拓撲的角度出發(fā)，利用圖論理論著重分析了經(jīng)典的以中心性測度為主的基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡拓撲特征的關鍵蛋白質(zhì)預測方法，通過對六種網(wǎng)絡拓撲中心性的挖掘算法進行研究和實驗，發(fā)現(xiàn)其具有一定的局限性:它只能識別挖掘出具有高度拓撲中心性的關鍵蛋白質(zhì)而不能很好地識別低度拓撲中心性的關鍵蛋白質(zhì)。針對此問題，本文提出了一種新的預測因子——蛋白質(zhì)功能，并對其進行研究，主要研究工作包括:
　　1)理論上分析蛋白質(zhì)功能與蛋白質(zhì)關鍵性間的關系，執(zhí)行實驗驗證猜測。通過

3、實驗結(jié)果證明蛋白質(zhì)功能與蛋白質(zhì)關鍵性具有強相關性，在該結(jié)論下，本文提出預測算法:FUN，并分析該算法對低度關鍵蛋白質(zhì)的挖掘性能;
　　2)在上述工作的基礎上，理論上分析蛋白質(zhì)網(wǎng)絡和蛋白質(zhì)功能這兩種預測因子的關系，執(zhí)行實驗驗證猜測。實驗結(jié)果證明蛋白質(zhì)網(wǎng)絡和蛋白質(zhì)功能兩種預測因子具有很強的互補性，在此結(jié)論下，提出算法——DC-FUN，融合這兩種預測因子來進行關鍵蛋白質(zhì)的預測;
　　3)采用本文所提FUN算法與DC-FUN算法以及