基于HMM的轉錄因子結合位點識別方法研究.pdf

1、隨著生物信息學的發(fā)展，全基因組序列不斷被測序，對于轉錄的研究變得越來越重要，轉錄因子，作為一種重要的轉錄調控元件，它與DNA序列的結合位點——轉錄因子結合位點的識別已經(jīng)成為當前的研究熱點。準確的預測、識別算法有助于人們識別不同轉錄因子的目標基因，進而研究轉錄因子結合位點在上游調控區(qū)中的位置對轉錄調控的影響。構建轉錄調控網(wǎng)絡，從而指導生物學研究。是一個充滿挑戰(zhàn)和價值的研究方向。 本文提出一種改進的方法——基于HMM的轉錄因子結合

2、位點識別方法。HMM是一種強大的概率模型，它在識別轉錄因子結合位點中已有突出的成績。本文將HMM與特定類型轉錄因子的結構特征相結合，利用不同類型的轉錄因子結合位點在序列上的特性，構建新的隱馬爾科夫模型。再結合堿基保守性判斷約束提高轉錄因子結合位點識別的準確性。 本文算法的實現(xiàn)采用的是C++語言，應用該方法對轉錄因子存在可疑區(qū)域DNA序列，進行了轉錄因子結合位點的識別，文章最后對算法的實驗結果進行了分析，通過實驗證明了其可行性和