胃癌相關(guān)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的篩選與分析.pdf

1、目的：根據(jù)2015年的最新癌癥統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)表明，胃癌(GC)在我國(guó)的發(fā)病率及死亡率均處于第二位。雖然近年來(lái)，我國(guó)在胃癌的診斷及治療上已經(jīng)取得了巨大的進(jìn)步，但大多數(shù)患者在確診時(shí)已處于晚期階段，失去了行根治性手術(shù)的機(jī)會(huì)，即便進(jìn)行了手術(shù)，甚至術(shù)后的輔助放化療、靶向及生物治療等，患者的復(fù)發(fā)率及轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)仍很高，進(jìn)展期胃癌患者的5年生存率僅為30％-50%，很可能是因?yàn)槲赴┚哂袠O強(qiáng)異質(zhì)性，其分子信號(hào)通路復(fù)雜,許多癌基因和抑癌基因的失調(diào)被認(rèn)為是導(dǎo)致胃癌形

2、成的不可或缺的因素。在過(guò)去數(shù)十年里，短鏈非編碼RNA，尤其是miRNAs的功能及作用機(jī)制得到了充分的闡明，而另一類興起的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNAs)近來(lái)被發(fā)現(xiàn)在包括胃癌在內(nèi)的多種人類疾病中也發(fā)揮著重要功能。隨著芯片及測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，胃癌相關(guān)分子標(biāo)志物得以不斷發(fā)掘。但大多數(shù)研究都著重于單個(gè)分子標(biāo)志物，其用以胃癌診斷和預(yù)測(cè)的可靠性欠佳。因此，本課題利用Human LncRNA Microarray建立胃癌相關(guān)lncRNAs表達(dá)譜，

3、對(duì)有潛在研究?jī)r(jià)值的lncRNAs進(jìn)行了初步驗(yàn)證并對(duì)其臨床意義進(jìn)行了探討，從而為后續(xù)完善胃癌相關(guān)的“分子標(biāo)志群”，并基于胃癌分子標(biāo)志群建立“胃癌相關(guān)lncRNAs診斷或預(yù)測(cè)模式”提供研究基礎(chǔ)。
　　方法：針對(duì)5個(gè)有明確胃癌家族史的胃癌患者，利用高通量基因芯片系統(tǒng)性地檢測(cè)了配對(duì)的癌及癌旁組織中l(wèi)ncRNAs和mRNAs的表達(dá)情況，建立了lncRNAs在胃癌中的差異表達(dá)譜。通過(guò)檢索文獻(xiàn)在表達(dá)譜中選出了3個(gè)可能有潛在功能的lncRNAs在

4、72對(duì)配對(duì)的胃癌及癌旁組織以及胃癌細(xì)胞株中運(yùn)用qRT-PCR進(jìn)行了驗(yàn)證，并進(jìn)一步對(duì)差異表達(dá)的mRNAs作了GO分析和Pathway分析。深入研究了上調(diào)的TUG1表達(dá)水平與胃癌患者臨床病理因素及預(yù)后的相關(guān)性，揭示其可能的臨床價(jià)值。
　　結(jié)果：我們通過(guò)lncRNA芯片篩選得到了胃癌癌及癌旁組織中差異表達(dá)的lncRNA共3107個(gè)，其中上調(diào)或下調(diào)超過(guò)2倍的lncRNA分別為1300個(gè)和1807個(gè)，上調(diào)或下調(diào)超過(guò)10倍的lncRNA分別有

5、50個(gè)和482個(gè)。結(jié)合文獻(xiàn)分析,選出了3個(gè)具有研究?jī)r(jià)值的LncRNAs：TUG1、HOTAIRM1、SNHG12，并分別在72對(duì)胃癌患者的配對(duì)組織以及胃癌細(xì)胞株中進(jìn)行定量檢測(cè)， qRT-PCR結(jié)果與基因芯片的結(jié)果保持一致。對(duì)可靠的芯片結(jié)果中差異表達(dá)的mRNAs行GO分析顯示，有1898個(gè)上調(diào)mRNAs和1256個(gè)下調(diào)mRNAs富集于Biological Process；有1976個(gè)上調(diào)mRNAs和1349個(gè)下調(diào)mRNAs富集于Cellu

6、lar Component；有1846個(gè)上調(diào)mRNAs和1223個(gè)下調(diào)mRNAs富集于Molecular Function。此外，KEGG Pathway分析結(jié)果顯示:有47條信號(hào)通路與上調(diào)表達(dá)的mRNAs相關(guān)，12條信號(hào)通路與差異下調(diào)的mRNAs相關(guān)。相比于配對(duì)癌旁正常胃黏膜組織，lncRNA TUG1在腫瘤組織中的表達(dá)顯著上調(diào),且與腫瘤浸潤(rùn)深度（P＝0.002）、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移（P＝0.034）、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移（P＝0.029）、TNM分期（

7、P＝0.008）以及脈管內(nèi)有無(wú)癌栓（P＝0.045）有關(guān)。Cox分析亦顯示：TUG1的表達(dá)水平（P＝0.031）與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移（P<0.001）、脈管內(nèi)有癌栓形成（P<0.001）、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移（P＝0.002）和TNM分期（P＝0.039）共為影響胃癌患者OS的獨(dú)立危險(xiǎn)因素。
　　結(jié)論：本研究通過(guò) lncRNA芯片成功構(gòu)建了胃癌 lncRNA差異表達(dá)譜,利用qRT-PCR選取部分LncRNAs進(jìn)行初步驗(yàn)證，證實(shí)芯片可靠。其中，TUG1