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文檔簡介
1、蛋白質折疊—去折疊和大尺度的功能運動是結構生物學中兩個非常重要的研究方向.除了一系列實驗技術(例如X射線、核磁共振等等)以外,計算機模擬對于研究這些問題具有不可替代的作用,它能夠給出皮秒(10<'-12>秒)到微秒(10'<-6>秒)時間尺度內蛋白質原子水平上的動力學信息.生物大分子的計算機模擬這個領域開展時間并不算很長,但是已經在研究蛋白質折疊—去折疊和功能運動等方面取得了很大的成功,并且還在進一步的發(fā)展完善之中.該文使用了兩個體系對
2、ACM方法做了檢驗.首先,我們將ACM與一種溶劑化模型generalizedBorn/surfacearea(GB/SA)相結合,較快地實現了S肽類似物變性α-helix的復性;而通常的GB/SA模擬由于采樣效率的問題未觀察到復性.另一個體系是噬菌體T4溶菌酶(T4L),我們研究了溶菌酶N端結構域和C端結構域之間的運動.在水溶液中的模擬結果表明,ACM模擬在3納秒時間內,采樣效率比3納秒常規(guī)分子動力學模擬要高,兩個結構域之間的運動"放大
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