杜洛克豬與槐豬背最長肌轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、隨著生活水平的提高，人們?cè)絹碓阶非髢?yōu)良的豬肉品質(zhì)，為了滿足人們的需求，培育肉質(zhì)優(yōu)良的豬品種至關(guān)重要。槐豬是國內(nèi)有名的脂肪型豬品種，其生長速度緩慢，但肉質(zhì)優(yōu)良，口感好；杜洛克豬是國外典型的瘦肉型豬品種，其生長速度快，但肉質(zhì)不夠理想。本研究對(duì)杜洛克豬和槐豬的背最長肌進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，通過生物信息學(xué)分析技術(shù)篩選兩豬品種的差異表達(dá)基因，并進(jìn)行功能注釋和通路富集等分析，從轉(zhuǎn)錄組水平上揭示國內(nèi)外豬品種的遺傳差異，尋找與肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)的差異表達(dá)基因及

2、信號(hào)通路，為進(jìn)一步研究豬背最長肌肌內(nèi)脂肪沉積的分子機(jī)制提供科學(xué)依據(jù)，進(jìn)而為培育符合人們需求的豬品種提供理論基礎(chǔ)。本研究主要結(jié)果如下：
　?。?）構(gòu)建了兩豬品種背最長肌的cDNA測(cè)序文庫，并完成轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。杜洛克豬和槐豬通過測(cè)序分別獲得45775612條和46337424條raw reads，raw reads經(jīng)過質(zhì)量控制后，分別獲得34496450條和36177844條clean reads，GC含量均在49％左右，Q30均在94

3、%以上。兩豬品種的clean reads與參考基因組的比對(duì)率均達(dá)到78%以上。
　　（2）杜洛克豬和槐豬背最長肌分別有44582個(gè)和103583個(gè)SNP，其中堿基轉(zhuǎn)換的比例均達(dá)到74%以上；此外，杜洛克豬和槐豬分別發(fā)現(xiàn)8216個(gè)和8608個(gè)新可變剪切，其中外顯子跳躍最多，分別為4151個(gè)和4305個(gè)。
　　（3）以FPKM≥0.1作為判斷基因表達(dá)的閾值，杜洛克豬和槐豬背最長肌中發(fā)生表達(dá)的基因分別有16012個(gè)和15839個(gè)，

4、其中14943個(gè)基因在兩豬品種中均有表達(dá)。以|log2FC|≥1且FDR<0.01作為篩選標(biāo)準(zhǔn)，發(fā)現(xiàn)兩豬品種背最長肌共有953個(gè)差異表達(dá)基因。與杜洛克豬相比，槐豬有589個(gè)上調(diào)基因和364個(gè)下調(diào)基因。
　?。?）差異表達(dá)基因與NR，Swiss-Prot，GO，COG和KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列比對(duì)后，分別有94.12%、82.58%、84.47%、48.58%和31.58%的差異表達(dá)基。因擁有注釋。對(duì)這些基因進(jìn)行GO分析，發(fā)現(xiàn)它們共分

5、類到48個(gè)GO條目中，其中細(xì)胞組分13個(gè)、分子功能12個(gè)和生物學(xué)過程23個(gè)，這三個(gè)GO本體分別包括747個(gè)、705個(gè)和743個(gè)基因。通過KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn)杜洛克豬和槐豬差異表達(dá)基因中的315個(gè)富集到185個(gè)KEGG通路，發(fā)現(xiàn)了與調(diào)節(jié)脂類代謝相關(guān)的PPAR信號(hào)通路和脂肪細(xì)胞因子信號(hào)通路。在所有富集到的KEGG通路中有6個(gè)是顯著富集的通路。
　　（5）通過qPCR方法對(duì)隨機(jī)選取的8個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)qPCR結(jié)果與RNA