計算機輔助對蛋白結合位點的探測、構建及其與抑制劑的結合模式的研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文結合使用同源建模，虛擬突變，分子對接，分子動力學，2D-QSAR技術，合理的解釋了3-取代苯基-X-取代基-3H-吡唑并[3，4-d][1，2，3]三嗪-4(YH)-酮類抑制劑對玉米原卟啉原氧化酶抑制活性變化的原因，給出此類抑制劑與PPO酶的結合模式，為進一步改進抑制劑活性提供了條件。
　　 通過限制動力學合理的用組蛋白脫乙酰酶HDAC8(pdbid：1T64)和組蛋白脫乙酰酶相似蛋白HDLP(pdbid：1C3R)對組蛋白

2、脫乙酰酶1(HDAC1)進行了同源建模，并使用HDAC2蛋白的晶體結構考察了新先導化合物的作用模式。對先導化合物的進一步優(yōu)化提供了條件。
　　 測試了多種因素：三種分子力場，Charmm，Amber，OPLS-2005，和范德華力，氫鍵作用力，去溶劑化效應，不同蛋白.蛋白界面介電常數(shù)下的電相互作用力以及蒙特卡羅統(tǒng)計動力學的方法生成的多重蛋白-蛋白復合物構象組對使用虛擬丙氨酸突變法來預測16個蛋白-蛋白復合物晶體結構中的熱點殘基的

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