二維凝膠電泳連配聚類統(tǒng)計(jì)算法.pdf

1、二維凝膠電泳技術(shù)能夠并行高通量地對上千個(gè)蛋白質(zhì)進(jìn)行檢測和定量研究，在蛋白質(zhì)表達(dá)和表達(dá)后修飾的研究中起到了重要的作用。同時(shí)它產(chǎn)生的高通量的數(shù)據(jù)需要依賴于計(jì)算機(jī)算法的幫助。二維凝膠電泳圖像的軟件分析一般可分為以下三個(gè)步驟：蛋白質(zhì)電泳點(diǎn)的檢測，凝膠圖像之間點(diǎn)的連配，點(diǎn)的定量分析。目前商用的分析軟件包包括Melanie，PDQuest，z3，and Progenesis。 蛋白質(zhì)電泳點(diǎn)的檢測和凝膠圖像之間點(diǎn)的連配是影響軟件分析精度的關(guān)鍵

2、。雖然有越來越多的算法對其進(jìn)行研究改進(jìn)，但作者認(rèn)為特別是在凝膠圖像之間點(diǎn)的連配方面精度提高已經(jīng)出現(xiàn)了瓶頸。因?yàn)楦鞣N實(shí)驗(yàn)及各膠之間存在不同程度的差異，連配算法的改進(jìn)并不能適應(yīng)所有情況。 本文提出凝膠圖像之間點(diǎn)的連配聚類統(tǒng)計(jì)算法來改進(jìn)連配的精度。主要的優(yōu)化思路是利用不同的凝膠圖像作為參考膠，進(jìn)行多次軟件的自動連配，得到多個(gè)點(diǎn)鏈(即一條不同凝膠上代表同一蛋白質(zhì)組分的電泳點(diǎn)的連配信息)組成的集合。利用這多條點(diǎn)鏈之間的相互印證來修正錯(cuò)誤。