靶向篩選HBV相關性肝細胞癌與Rab14相互作用的蛋白.pdf

1、目的:采用靶向蛋白質組學方法篩選HBV相關性肝細胞癌(hepatocellular carcinoma，HCC)與Rab14相互作用的蛋白，采用基因本體論(gene ontology，GO)、功能聚類、信號通路和蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction，PPI)等生物信息學方法分析Rab14相互作用蛋白，揭示其生物學意義，探討Rab14參與HBV相關性HCC的生長及侵襲的可能分子機制。
　　方法:

2、
　　1、采用RT-qPCR和Western Blot檢測HCC組織中Rab14的表達水平。
　　2、采用免疫共沉淀結合質譜分離鑒定Rab14相互作用蛋白。
　　3、利用生物信息學軟件DAVID v6.7對Rab14相互作用蛋白進行GO、功能聚類、信號通路分析，用PPI網絡預測軟件String9.1進行PPI分析。
　　結果:
　　1、Rab14在肝癌組織中表達明顯增強（P＜0.05），癌旁組織中表達較弱，

3、正常對照組織中幾乎不表達。
　　2、用靶向蛋白質組學方法在純化的肝癌細胞中鑒定到133個Rab14相互作用蛋白。
　　3、GO分析顯示，133個蛋白被聚類成13個功能相關的簇;功能聚類分析顯示:具有相似結構和功能的蛋白有65個，涉及到9個功能簇:①分子伴侶;②囊泡介導轉運;③細胞骨架;④GTP結合;⑤蛋白轉運;⑥Ras相關蛋白;⑦跨膜轉運;⑧核糖體蛋白;⑨離子轉運。
　　4、Biocarta和KEGG信號通路分析顯示:

4、15個蛋白涉及到四條Biocarta信號通路:乙?；鶊F轉運通路、細胞粘附信號通路、Rab相關信號通路、囊泡轉運相關信號通路。53個蛋白涉及到七條KEGG信號通路:抗原處理和呈遞信號通路、黏著連接信號通路、內吞相關信號通路、核糖體信號通路、肌動蛋白細胞骨架調節(jié)通路、腫瘤相關信號通路、MAPK信號通路。其中3個蛋白涉及到囊泡轉運通路，9個蛋白涉及內吞通路，7個蛋白涉及MAPK通路。
　　5、PPI分析發(fā)現:Rab14能通過RAB5A與

5、TFRC、AP1G1相互作用，通過AP1B1與DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用，通過DNM2與CTNNA1、AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL相互作用。
　　結論:
　　1、Rab14在肝癌組織中表達明顯增強。
　　2、首次采用靶向蛋白質組學方法在HCC癌細胞中鑒定到133個Rab14相互作用蛋白。
　　3、133個蛋白可聚類成13個功能相關的簇，其涉及的主要功能包括9個方面:分子伴侶、囊

6、泡介導轉運、細胞骨架、GTP結合、蛋白轉運、Ras相關蛋白、跨膜轉運、核糖體蛋白、離子轉運。
　　4、Rab14相互作用蛋白涉及四條Biocarta信號通路和七條KEGG信號通路。
　　5、Rab14能通過RAB5A與TFRC、AP1G1相互作用，通過AP1B1與DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用，通過DNM2與CTNNA1、AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL相互作用，調節(jié)囊泡轉運、內吞過程、細胞粘附等