從江香豬7個CNVR群體遺傳多態(tài)性研究.pdf

1、拷貝數(shù)變異（copy number variation,CNV）是一種重要的基因組結(jié)構(gòu)變異，主要通過擾亂基因及劑量效應來影響動物的表型性狀和改變基因的表達量。本實驗室通過Illumina公司生產(chǎn)的Illumia procine60K芯片在120頭香豬中檢測到了213個CNVRs。本研究中采用實時熒光定量PCR（Real-time Quantitative PCR,qPCR）方法對選取的7個CNVR（6個芯片顯示在香豬高低產(chǎn)中拷貝數(shù)變異頻

2、率有差異的區(qū)間和含KIT基因的CNVR108）進行大樣本驗證，研究香豬基因組結(jié)構(gòu)和功能。同時結(jié)合相關(guān)性分析及功能注釋來研究拷貝數(shù)變異對香豬生長繁殖的調(diào)控機理。
　　獲得主要結(jié)果包括：
　　1、6個CNVR中，CNVR21、CNVR115、CNVR137以拷貝數(shù)增加為主；CNVR69、CNVR81以拷貝數(shù)缺失為主；CNVR206以正?？截悶橹?，但拷貝數(shù)增加所占比例大于缺失比例。經(jīng)卡方檢驗知CNVR21、CNVR81、CNVR2

3、06拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性不顯著（P>0.05）；CNVR69、CNVR115、CNVR137三個區(qū)間的拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性顯著（P<0.05）。
　　2、相關(guān)性分析得，CNVR21，樣本拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)、體高、體長、體寬和胸圍之間呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.283，0.309，0.286，0.347，0.334；CNVR115，樣本拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈輕度正相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.293，0.263；與總?cè)轭^數(shù)

4、、初產(chǎn)、二產(chǎn)、經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)都達到了輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.314，0.474，0.255，0.250。功能注釋發(fā)現(xiàn)兩個區(qū)間包含多個嗅覺基因，豬品種間比較得香豬在4種豬品種CNVR21區(qū)間的拷貝數(shù)增加的比例是最大的為88.46％，次之為可樂豬（35.71%）、大白豬（30.00%）、榮昌豬（0%）。推測CNVR21中嗅覺基因多拷貝數(shù)現(xiàn)象增加了香豬對食物的敏感性，可能是香豬對野外放牧養(yǎng)殖方式的適應性反應。CNVR115，統(tǒng)計顯示，香豬，可樂豬

5、、榮昌豬及大白豬的拷貝數(shù)均以增加為主，且增加比例榮昌豬（84.38%）>大白豬(77.27%)>可樂豬(75.00%)>香豬(71.43%)。推測CNVR115拷貝數(shù)的增加對產(chǎn)仔數(shù)具有正調(diào)控作用。
　　3、相關(guān)性分析得，CNVR69，樣本拷貝數(shù)與體寬呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.283。CNVR81，樣本拷貝數(shù)與體高、體長呈輕度負相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為-0.264，-0.272。功能注釋兩個區(qū)域的相關(guān)基因ANKS1B；SFRS11和LRRC

6、40。豬品種間比較，缺失比例均為榮昌豬>大白豬>可樂豬>香豬。推測在香豬中ANKS1B基因的拷貝數(shù)缺失可能與高產(chǎn)相關(guān)，同時也可能是香豬抗病性的原因。SFRS11、LRRC40兩個基因在香豬的繁殖和生長方面起負調(diào)控。
　　4、相關(guān)性分析得到，CNVR137，樣本拷貝數(shù)與體長、管圍呈輕度負相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為-0.311，-0.278；與總?cè)轭^數(shù)/初產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性達到輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.291和0.294。CNVR206，所檢測樣本

7、拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.458；與各項體尺指標間相關(guān)性均不相關(guān)。功能注釋CNVR137、CNVR206兩個區(qū)間不含有任何基因。推測CNVR137可能抑制香豬的生長速度，且與產(chǎn)仔數(shù)有一定關(guān)系。因CNVR137/206區(qū)段為新發(fā)現(xiàn)的拷貝數(shù)變異區(qū)，且區(qū)間注釋還未完善，故具體作用機制有待進一步研究。
　　5、采用qPCR技術(shù)對以黑/棕毛色為主的4個貴州地方豬品種及以白毛色為主的大白豬和可樂豬樣本中CNVR108中的

8、KIT基因的拷貝數(shù)進行檢測，結(jié)果發(fā)現(xiàn)貴州地方豬品種中全黑/全棕毛色個體的KIT基因拷貝數(shù)以缺失為主，黑色帶白斑個體的KIT基因拷貝數(shù)全部缺失，而棕色帶白個體的KIT基因拷貝數(shù)增加、正常各占50%。作為對照的大白豬樣本的KIT基因拷貝數(shù)顯著增加，榮昌豬中KIT基因拷貝數(shù)以正常類型為主。表明大白豬的白毛色由KIT基因拷貝數(shù)增加決定，但榮昌豬的白毛色可能與KIT基因的拷貝數(shù)變異之間沒有直接的聯(lián)系；4個貴州地方豬品種的全黑/全棕色毛色與KIT基