白菜高密度遺傳圖譜的構(gòu)建和重要農(nóng)藝性狀的QTL定位.pdf

1、白菜類蔬菜是我國(guó)栽培面積最大的蔬菜之一，也是研究基因組多倍化和形態(tài)演化的模式植物。在國(guó)際白菜基因組測(cè)序數(shù)據(jù)公布前，已有數(shù)十張白菜遺傳圖譜公布，但多基于PCR標(biāo)記，標(biāo)記數(shù)量少而且操作繁瑣。因此，本研究力圖通過(guò)基于簡(jiǎn)化基因組的RAD-seq技術(shù)，通過(guò)下一代高通量測(cè)序獲得大量SNP標(biāo)記，構(gòu)建了迄今為止白菜第一張完全由測(cè)序標(biāo)記所組成的精度最高的遺傳圖譜。并利用該圖譜對(duì)白菜重要農(nóng)藝性狀進(jìn)行了QTL檢測(cè)。其主要結(jié)果如下:
　　(1)以高代自交

2、系‘黃小雜’（父本）和‘Bqq094-11’（母本）以及其雜交后得到的120個(gè)F2群體為材料，構(gòu)建了一張由711個(gè)連鎖區(qū)域(bin)組成的白菜遺傳圖譜，711個(gè)連鎖區(qū)域包含3985個(gè)SNP標(biāo)記，10個(gè)連鎖群物理距離總長(zhǎng)255.09Mb，連鎖區(qū)域間平均物理距離是358.77 Kb，遺傳距離總長(zhǎng)為1223.44cM，連鎖區(qū)域間平均距離為1.72 cM。其中遺傳距離間距小于1 cM的連鎖區(qū)域共有490個(gè)，占連鎖區(qū)域總數(shù)的70％。
　　(

3、2)用WinQTL軟件進(jìn)行CIM分析，檢測(cè)到18個(gè)農(nóng)藝性狀共72個(gè)QTL位點(diǎn)，分布于除A04以外的所有染色體上，遺傳貢獻(xiàn)率在2.42％～80.38％之間。其中株高共檢測(cè)到2個(gè)QTL、株幅1共檢測(cè)到9個(gè)QTL、株幅2共檢測(cè)到6個(gè)QTL、葉片長(zhǎng)共檢測(cè)到4個(gè)QTL、葉片寬共定位到3個(gè)QTL、葉柄長(zhǎng)共有1個(gè)QTL、葉柄長(zhǎng)共定位到4個(gè)QTL、葉翅共檢測(cè)到5個(gè)QTL、葉片皺縮共檢測(cè)到3個(gè)QTL、芯葉顏色共檢測(cè)到8個(gè)QTL、外葉顏色共檢測(cè)到7個(gè)QTL

4、、外葉顏色L*芡檢測(cè)到4個(gè)QTL、外葉顏色a*只檢測(cè)到1個(gè)QTL、外葉顏色b*檢測(cè)到3個(gè)QTL、內(nèi)外葉色差共檢測(cè)到3個(gè)QTL、葉柄顏色共檢測(cè)到2個(gè)QTL、結(jié)球共檢測(cè)到4個(gè)QTL、薹長(zhǎng)共檢測(cè)到3個(gè)QTL。
　　(3)使用軟件QTLNetwork version2.1進(jìn)行MCIM分析，共檢測(cè)到9個(gè)農(nóng)藝性狀共15個(gè)QTL位點(diǎn)，同時(shí)還檢測(cè)到控制控制芯葉顏色和株幅2的兩對(duì)上位性QTL。其中與株幅1相關(guān)的QTL共檢測(cè)到1個(gè)、與葉柄長(zhǎng)相關(guān)的QT