基于全基因組重測序篩選湖羊四乳頭性狀相關基因的初步研究.pdf

1、部分綿羊具有四個或更多的乳頭，但有關這一性狀的遺傳機理研究報道較少。為了探究其遺傳差異，本研究對四乳頭湖羊基因組進行了重測序分析，篩選出與該性狀相關的候選基因。
　　1、采集四乳頭湖羊（試驗組）和兩乳頭湖羊（對照組）血液樣本，提取血樣DNA進行全基因組重測序，測序結果與綿羊參考基因組（Ovis aries Oar3.1）比對，結果表明:
　　(1)使用GATK算法比對測序結果，查找湖羊基因組的突變位點。其中在基因編碼區(qū)中，試

2、驗組中共有42001個SNP/InDel位點，對照組共有50010個SNP/InDel位點。
　　(2)對SNP/InDel位點進行維恩分析，得到試驗組湖羊特有的SNP/InDel位點39個，提示這些突變位點可能是四乳頭性狀的潛在關聯(lián)位點。
　　(3)對試驗組特有的39個SNP/InDel位點進行注釋，共計注釋到21個基因。并對這21個基因進行GO富集分析和KEGG通路分析，涉及物質代謝、免疫應答、細胞生長、機體發(fā)育和信號通

3、路等功能。
　　2、對湖羊基因組重測序得到試驗組中的33個SNP位點進行了驗證，利用Sanger測序法和SNaPshot技術對變異位點進行SNP分型，結果表明：
　　(1)與參考基因組對比，33個變異位點中，有18個位點堿基沒有發(fā)生改變，15個位點發(fā)生了堿基變化。其中ZEB1基因中sheep13-32879407位點和DEPDC7基因中sheep15-61871375位點試驗組相比于對照組存在較高的突變率。sheep13-3

4、2879407G＞C位點在四乳頭樣本中的突變率為91％，在對照組中的突變率為30％;sheep15-61871375G＞C位點在四乳頭樣本中的突變率為72％，在對照組中的突變率為29％。
　　(2)對ZEB1基因的sheep13-32879407G＞C位點與湖羊四乳頭發(fā)育等級進行關聯(lián)分析。在總樣本中，基因型CC和GC分別比基因型GG個體擁有更高的四乳頭等級(P＜0.01)。在試驗組中，基因型CC和GC分別比基因型GG個體擁有更高的