甲狀腺乳頭狀癌淋巴結轉移灶的全外顯子組測序研究.pdf

1、背景:
　　甲狀腺乳頭狀癌是十分常見的甲狀腺惡性腫瘤。其特點為發(fā)病率高但預后較好。甲狀腺乳頭狀癌易發(fā)生頸部淋巴結轉移，但由于轉移灶經常較小，難以被術前超聲或術中觸診發(fā)現。因此為了降低疾病復發(fā)的可能風險，相當部分的術前未發(fā)現淋巴結轉移的甲狀腺乳頭狀癌患者接受了預防性的中央組淋巴結清掃術。但該手術會增加喉返神經損傷以及甲狀旁腺損傷的風險。一個新的判斷甲狀腺乳頭狀癌患者是否存在淋巴結轉移的檢查可以幫助檢查為陰性的患者避免進行中央組淋巴結

2、清掃術，從而降低手術相關并發(fā)癥的發(fā)生率。近年來對甲狀腺乳頭狀癌的研究發(fā)現了多個與疾病發(fā)生相關的突變，但淋巴結轉移的機制和驅動基因尚未被發(fā)現。全外顯子組測序技術可以發(fā)現與疾病相關的大量單核苷酸多態(tài)性(SingleNucleotide Polymorphism，SNP)位點以及可能的基因突變。對淋巴結轉移灶標本進行全外顯子組測序，既可以幫助闡明轉移的機制，又可以指導基于疾病相關SNP的診斷工具的開發(fā)。因此本研究的目的包括:(1)通過對甲狀腺

3、乳頭狀癌原發(fā)灶及轉移灶的全外顯子組測序獲得與腫瘤轉移相關的突變與SNP;(2)解釋甲狀腺乳頭狀癌發(fā)生淋巴結轉移的可能機制。
　　方法:
　　本研究納入通過術前超聲、術中觸診和術后病理檢查證實存在多個淋巴結轉移的甲狀腺乳頭狀癌患者，并通過手術留取腫瘤原發(fā)灶和轉移灶的標本。通過DNA提取、純化、雜交、捕獲等步驟，對樣品進行全外顯子組測序。對測序獲得的結果進行嚴格的質量控制。最終獲得的與甲狀腺癌轉移相關的SNP位點經過多種生物信息

4、學方法的篩選以及同已知的與甲狀腺乳頭狀癌發(fā)病相關的SNP數據庫進行比對分析，獲得最終可能對轉移有重要意義的SNP和突變。
　　結果:
　　共獲得來自3個患者的淋巴結及原發(fā)灶樣本共9份。外顯子組測序平均深度為122×，每個樣品獲得SNP總數超過40000個。經過篩選以及與已知數據庫對比分析后，獲得可能與轉移相關的SNP位點53個。進一步篩選得到出現頻率較高的SNP位點14個。對測序結果的分析表明，BRAF突變在淋巴結的轉移中可