廣泛耐藥結核分枝桿菌全基因組分析及耐多藥候選新基因的篩選.pdf

1、目的：采用高通量全基因組測序分析廣泛耐藥結核分枝桿菌(XDR-TB)臨床株，以篩選結核分枝桿菌耐多藥候選新基因,并推測其功能與耐多藥的關系。
　　方法：選取兩株廣泛耐藥結核分枝桿菌的臨床分離株,高通量全基因組測序后與H37Rv標準菌株對比，篩選出非同義單核苷酸多態(tài)性(Nonsyn-SNPs)，比對已知耐藥基因及大數(shù)據(jù)研究篩選的耐藥新基因。Polyphen2預測研究未闡述的突變點對蛋白質功能的影響，篩選出可能影響蛋白質功能的耐藥候選

2、新基因并設計引物，對多個臨床樣本進行PCR擴增并測序。使用STITCH蛋白質數(shù)據(jù)庫推測耐多藥候選新基因功能與已知的耐藥基因和耐多藥之間的關系。
　　結果：兩株廣泛耐藥結核分枝桿菌分別有2237和2110突變點，主要集中在4個蛋白質功能組,包括細胞壁及細胞代謝過程、中間代謝途徑及呼吸過程、保守假設蛋白和PE/PPE蛋白家族,DNA修復途徑中也存在突變。兩株XDR-TB全基因組序列已被美國基因庫GenBank收錄(收錄號CP00910

3、0和CP009101)。兩例臨床分離株中有626個 Nonsyn-SNPs是共有的，其中包括已知耐藥基因突變位點，另有342個共有的Nonsyn-SNPs在相關文獻中未見報道。Polyphen2軟件推測342個Nonsyn-SNPs可能對蛋白質功能有影響，并篩選出17個耐多藥候選新基因。挑選軟件評分高的4個基因對7例MDR-TB及XDR-TB臨床樣本進行驗證，結果顯示這4個基因在這7例臨床樣本中存在較高的突變率。STITCH蛋白質數(shù)據(jù)庫