結構對稱蛋白質的序列分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、華中科技大學碩士學位論文結構對稱蛋白質的序列分析姓名：許瑞珍申請學位級別：碩士專業(yè)：理論物理指導教師：肖奕20050427VAbstractOnthebasisofstudiesonribonucleaseinthe1950sAnfinsenproposedthatthetertiarystructureofaproteinisencodedinitsaminoacidsequence.Howeverwefoundthatinmostc

2、asessymmetriesofthetertiarystructuresofmanyproteinscanonlybeseenonthestructurallevel.Thecommonmethodsbarelydiscovervisuallyshowthesymmetryonsequencelevel.Basedonthefactthatcomplexproteinfoldsmaybeevolvedfromshtpeptideanc

3、estsviaaseriesofduplicationstherecurrencemethodweproposedamodifiedrecurrenceanalysismethod.Byredefiningthedegreeofsequencesimilaritysthemodifiedrecurrenceplotsrevealthehiddenrepeatsdirectlyfromsequences.Weanalyzedthetypi

4、calsymmetricproteinfamily:betatrefoilgotgoodpseudothreefoldsequencesymmetriesacteristicoftheirstructures.Toprovethegeneralityofthisrulewecalculatedthemodifiedrecurrenceplotsofotherproteinswithsymmetrictertiarystructuresi

5、nαclassβclassαβclass.Wefoundthatmostoftheirprimarysequencesshowthesamesymmetriesastheirstructures:frompseudo2foldtopseudo5foldsymmetry.Meoverwestudiedarepresentativesampleofsmallαproteinfoundthesameinternalsequencerepeti

6、tionsastheirtertiarystructurestheirkeyaminoacidresidues.Consideringthatdifferentaminoacidresiduessharesomesimilarphysicochemicalpropertieswesimplifiedclassifiedthe20kindsofaminoacidresidues.Werecalculatedtheproteinsofbet

7、atrefoilfamilyfourpropellfamilybasedontheirfrequenciesofaminoacidsinβ?strsalltheirprimarysequencesshowclearerpseudo3fold4foldsymmetryrespectively.Finallywepredictedthetertiarystructureofaproteinwithunknownstructureusingt

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