櫛孔扇貝和牡蠣的遺傳多樣性研究

1、中國海洋大學(xué)博士學(xué)位論文櫛孔扇貝和牡蠣的遺傳多樣性研究姓名：孔曉瑜申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：水產(chǎn)養(yǎng)殖指導(dǎo)教師：武云飛20040501櫛孔扇貝和牡蠣的遺傳多樣性研究對櫛孔扇貝和海灣扇貝的線粒體16SrRNA基因片段進(jìn)行了PCR擴(kuò)增，分別得到634bp(AF526247)和542bp(AF526239)長度的堿基序列，其A，T，G，c含量分別為2508％、2965％、2760％和1767％(櫛孔扇貝)，2565％、2952％、2731％gU1

2、753％(海灣扇貝)。對位排序結(jié)果表明，兩者的擴(kuò)增片段其長度相差92bp，還有80個核苷酸位點(diǎn)存在轉(zhuǎn)換或顛換，同源性為681％，造成擴(kuò)增片段長度差異的幾個小區(qū)段的缺失／插入出現(xiàn)在擴(kuò)增片段中部約130bp范圍內(nèi)。這表明，分別分布于太平洋西北部沿海和大西洋北部沿海的兩種扇貝在進(jìn)化上分歧較早。用線粒體16SrRNA基因片段研究了櫛孔扇貝大連(DL)、煙臺(YT)、榮成(Rc)、青島(QD)、韓國(SE)和日本(JP)六個群體的遺傳多樣性，并探

3、討了櫛孔扇貝各群體的遺傳結(jié)構(gòu)。所有47個個體中得到了長度為592bp的16SrRNA基因片段序列，把所有個體的16SrRNA基因片段序列用C1USTALX(Thompsoneta11997)進(jìn)行排序?qū)Ρ?，用ARI，EQUIN(Schneidereta1，2000)計算群體特異性、單倍型多樣性(NeiandTajma，1981)和核營酸多樣性(Nei，1987)。分析表明有31個核昔酸變異位點(diǎn)，共23個單倍型。單倍型A和B為最常見單倍型，

4、存在于所有群體，其頻率分別為29，8％和17％，基于所有單倍型之間核苷酸歧異的網(wǎng)狀圖表明：大多數(shù)單倍型是互相密切關(guān)聯(lián)的，最常見的單倍型A居于輻射狀網(wǎng)狀圖的中央。許多鄰近的單倍型互相只有一個核苷酸差異，有些單倍型則與A有兩個核苷酸差異。EXACTTEXT單倍型頻率分布分析顯示，在所有樣品中單倍型頻率分布沒有明顯差異(P=O925)，而且在所有兩兩群體之間也無明顯差異。分子變異分析表明：絕大多數(shù)(9965％)的遺傳變異是群體內(nèi)的變異。群體間

5、無明顯變異，只有少于2％的變異來源于不同地區(qū)的差異，而且這部分變異不明顯(P=O195)。在各群體的單倍型多樣性、核苷酸多樣性和其他群體多樣性指數(shù)中，sK群體的指數(shù)最大，其次為YT群體。YT群體為中國四個群體中各項(xiàng)值最高的群體，DL為最小。群體問核苷酸分歧最大的各群體對之間的分歧值位于sK和YT之間，最小的出現(xiàn)在DL和JP之間，而這兩群體問的地理距離最大。結(jié)果表明，櫛孔扇貝16SrRNA基因片段顯示出了相當(dāng)程度的變異，雖然16SrRNA