水稻全基因組多態(tài)性數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建及高效分子標記的建立.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、DNA多態(tài)性是發(fā)展分子標記的基礎(chǔ),廣泛使用在水稻基因定位和分子育種的工作中.本項工作利用粳稻品種日本晴和秈稻品種93-11的全基因組序列構(gòu)建水稻全基因組DNA多態(tài)性數(shù)據(jù)庫.首先以93-11序列做為查詢源,對日本晴序列進行BLASTN的搜索與識別同源序列.在得出初步錨定的兩基因組信息后,使用MUMmer3.0來尋找兩基因組間的DNA多態(tài)性構(gòu)建了初步的水稻DNA多態(tài)數(shù)據(jù)庫.最后去除一部分匹配性較低的多態(tài)性關(guān)聯(lián)信息并根據(jù)日本睛BAC克隆在染色

2、體上位置順序?qū)?shù)據(jù)庫中多態(tài)性位點進行排序從而構(gòu)建成最終的水稻兩亞種間DNA多態(tài)性的數(shù)據(jù)庫.在項工作所構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫中包含了1,703,176個單核苷酸多態(tài)性(SNP)和479,406個插入缺失多態(tài)性(InDel),在水稻基因組上其密度分別達每268 bp一個SNP和每953 bp一個InDel.為了分析數(shù)據(jù)庫中的SNP和InDel的準確性,我們通過實驗的方法加以驗證,發(fā)現(xiàn)在109個隨機挑選的SNP中,有107個(98.2%)SNP位點檢測

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