甘藍型油菜耐濕差異性表達基因的篩選及分析.pdf

1、與擬南芥、水稻等傳統(tǒng)模式植物相比，甘藍型油菜中耐濕基因的鑒定和耐濕機制的研究還比較少，篩選和鑒定甘藍型油菜中與耐濕相關的基因，分析揭示其耐濕分子機制，可以為油菜耐濕分子育種提供科學依據。為發(fā)掘甘藍型油菜耐濕相關基因，本研究選用耐濕性遺傳差異較大的2個甘藍型油菜純系中雙9號(耐濕)和GH01(敏感)，以水淹處理12小時苗期根的RNA為tester，對照為driver，構建cDNA文庫，利用轉錄組測序(RNA-seq)方法，篩選參與濕害應答

2、相關的基因。主要結果如下：
　　 1.濕害脅迫下中雙9號和GH01中分別有12211個和11469個差異表達基因。其中，中雙9號特異性差異基因3526個，GH01特異性差異基因2784個，中雙9號和GH01共表達差異基因8685個。
　　 2.對差異表達基因進行了主要生物學功能分類。在濕害脅迫下，在細胞組件中與細胞膜、細胞質、細胞器相關的差異基因占有很大比例。分子功能注釋中的差異表達基因較多的是結合和催化相關基因，主要包

3、括蛋白結合、陽離子結合相關基因、金屬離子結合基因等結合基因，氧化還原酶、磷酸轉移酶，水解酶等催化相關基因，轉運載體、電子載體相關基因和一些參與信號轉導的重要基因等。而在生物過程中主要是參與細胞內代謝途徑的相關基因，如：蛋白代謝途徑，糖代謝途徑相關基因，分解代謝途徑、細胞過程、刺激應答、生物學調節(jié)、細胞機構合成等相關途徑的基因等。
　　 3.在中雙9號中，有4條Pathway顯著富集，包括：氨基糖和核苷酸糖代謝、ABC轉運、非同源

4、末端連接、其他類型含氧糖的合成。在GH01中，有5條Pathway顯著富集，包括：氨基糖和核苷酸糖代謝、ABC轉運、苯丙氨酸代謝、丙氨酸，天門冬氨酸和谷氨酸代謝和光合作用。
　　 4.應用Real-time RT-PCR方法驗證分析了有功能注釋的8個基因。其中有5個基因在中雙9號中表現上調，而在GH01中表現下調；有3個基因在中雙9號和GH01中共同表達。結果表明這8個基因在濕害脅迫下表達量改變倍數和表達譜測序中獲得的差異表達倍