轉(zhuǎn)反義ACO基因甜瓜品系果實(shí)發(fā)育過程的轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、甜瓜是一種在世界廣泛種植的經(jīng)濟(jì)作物，研究甜瓜果實(shí)發(fā)育過程的生物學(xué)機(jī)制與相關(guān)基因，對于人們加強(qiáng)對甜瓜以及其他作物果實(shí)發(fā)育的理解具有重要意義，進(jìn)一步為果實(shí)的貯藏保鮮、品質(zhì)改良等提供了思路與理論依據(jù)。
　　本研究利用轉(zhuǎn)錄組測序與生物信息學(xué)技術(shù)，針對果實(shí)發(fā)育前后的兩個時期，對轉(zhuǎn)反義ACO基因的M9品系河套蜜瓜(Cucumis meloL.cv Hetao)與原種河套蜜瓜進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序和較全面的比較，以找出轉(zhuǎn)反義ACO基因與乙烯對甜瓜果實(shí)

2、發(fā)育的影響。本研究對甜瓜乙烯合成轉(zhuǎn)錄調(diào)控與信號通路中的5個關(guān)鍵基因家族CmCTR、CmEIN2、CmHB、CmETR、CmRIN進(jìn)行了全基因組范圍的生物信息學(xué)鑒定，分別鑒定出了20、6、17、3、21個家族成員。分析其與CmEIN3/EILs共6個基因家族在M9與原種河套蜜瓜轉(zhuǎn)錄組中的表達(dá)情況，結(jié)果顯示多數(shù)基因家族在此過程中的表達(dá)情況復(fù)雜，CmEIN3/EILs家族在兩個品系的樣本中整體受到上調(diào)，CmETR則相反。本研究統(tǒng)計(jì)了M9與原種

3、河套蜜瓜轉(zhuǎn)錄組的GO富集情況，繪制了相應(yīng)的GO有向無循環(huán)圖，使用AmiGO1.8對以上GO富集信息進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)M9品系在有機(jī)酸及羧酸代謝、細(xì)胞器及組分的組織與合成代謝、光合系統(tǒng)、與其他有機(jī)體的互作、脫羧反應(yīng)的氧化還原酶活性、核苷酸三磷酸酶活性方面的GO富集比例明顯大于原種，而原種在蛋白質(zhì)位置信息相關(guān)GO的富集比例和絕對數(shù)量都明顯大于M9品系。最后基于轉(zhuǎn)錄組Log2Foldchange值，利用R語言等工具篩選基因，進(jìn)一步選取了9個基因，