基于Spring MVC+iBATIS框架的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、基于J2EE(Java2 Platform Enterprise Edition)平臺(tái)[1]的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)方式主要有兩種：傳統(tǒng)的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)方式和基于MVC(Model，View，Controller)模式的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)方式。其中MVC模式的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)分離了數(shù)據(jù)控制和數(shù)據(jù)表現(xiàn)，在實(shí)現(xiàn)多層Web應(yīng)用中占有明顯的優(yōu)勢(shì)。近年來(lái)，隨著開(kāi)源運(yùn)動(dòng)的不斷發(fā)展，從數(shù)據(jù)持久層到業(yè)務(wù)層再到表現(xiàn)層都涌現(xiàn)了一批優(yōu)秀的輕量級(jí)開(kāi)源框架。將優(yōu)秀的輕量級(jí)開(kāi)源

2、框架應(yīng)用到J2EE開(kāi)發(fā)中組建輕量級(jí)J2EE架構(gòu)，可以很好的解決傳統(tǒng)J2EE中的問(wèn)題[2]。Spring就是一個(gè)實(shí)現(xiàn)MVC模式的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)框架，它可以有效的表達(dá)系統(tǒng)的設(shè)計(jì)框架，降低系統(tǒng)的復(fù)雜程度和維護(hù)程度。而iBATIS則是一個(gè)持久層開(kāi)發(fā)框架，它可以提高數(shù)據(jù)訪問(wèn)層的開(kāi)發(fā)效率和減輕開(kāi)發(fā)的復(fù)雜程度。 在基于J2EE的Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)中，服務(wù)器端的容器組件是關(guān)鍵的一環(huán)。復(fù)雜的業(yè)務(wù)應(yīng)用需要重量級(jí)的容器(如EJB[3])。而在實(shí)現(xiàn)全面且完

3、整的應(yīng)用時(shí)，重量級(jí)容器會(huì)帶來(lái)諸如部署復(fù)雜，運(yùn)行緩慢，內(nèi)在服務(wù)多等負(fù)面作用。為了簡(jiǎn)化應(yīng)用程序開(kāi)發(fā)、部署、降低開(kāi)發(fā)程序的風(fēng)險(xiǎn)和提高程序的可維護(hù)性，必須引入輕量級(jí)J2EE架構(gòu)模型[3，4]。 另一方面，生物信息學(xué)是當(dāng)今最重要、最前沿的科學(xué)發(fā)展領(lǐng)域之一，已被廣泛用于基因序列數(shù)據(jù)的獲取、處理、分析和管理等許多方面。生物信息數(shù)據(jù)的增長(zhǎng)十分迅猛，每年幾乎都以級(jí)數(shù)速度增長(zhǎng)?，F(xiàn)存的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)大多以MySQL+PHP或JSP+Hibernate

4、+Struts+Apache的方式構(gòu)建。前者不僅不利于系統(tǒng)的維護(hù)和擴(kuò)展，而且對(duì)整個(gè)系統(tǒng)的負(fù)載均衡也不利。后者構(gòu)建方式過(guò)于復(fù)雜，開(kāi)發(fā)周期過(guò)長(zhǎng)。 基于以上，本文提出以Spring MVC+iBATIS的簡(jiǎn)潔方式來(lái)構(gòu)建生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。 在本文中，將以生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的設(shè)計(jì)與開(kāi)發(fā)為例。本文的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)，采用具有清晰的角色劃分、靈活配置功能的Spring MVC作為其MVC的開(kāi)發(fā)模式；采用具有不耦合Java代碼和SQL語(yǔ)句的

5、iBATIS作為持久層框架，并特別引入了OSCACHE緩存技術(shù)實(shí)現(xiàn)組件，對(duì)于系統(tǒng)中產(chǎn)生的大量運(yùn)行日志，采用一個(gè)專(zhuān)門(mén)的日志記錄包Log4j，可以減輕對(duì)成千上萬(wàn)輸出語(yǔ)句的維護(hù)成本。在程序的協(xié)同開(kāi)發(fā)過(guò)程中，將使用CVS(Version Control System)版本控制系統(tǒng)，用來(lái)記錄源文件的歷史信息。 實(shí)踐證明，用SpringMVC+iBATIS構(gòu)建生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的方式，可以推廣至解決中小企業(yè)構(gòu)建高效Web系統(tǒng)的開(kāi)發(fā)中。因?yàn)镾pr