應用ABEEM-MM浮動電荷分子力場探討GLY(H-,2-O)-,n-(n=1-8)團簇的性質.pdf

1、甘氨酸(GLY)作為最簡單的蛋白質結構單元和重要的生命營養(yǎng)物質，在生命體系中扮演著十分重要的角色，因而探討甘氨酸與水分子之間的相互作用具有非常重要的意義。
　　 本論文應用原子.鍵電負性均衡方法融合進浮動電荷分子力場(ABEEM/MM)的模型和方法，編制和調試有關程序，構建了一個新的GLY-水勢能函數，并將其應用到氣相團簇GLY(H2O)n(n=1-8)的研究中。文中對研究體系均采用B3LYP/6-311++G(d，p)方法進行

2、結構優(yōu)化和頻率計算，在MP2/6-311++G(3d,3p)水平上對構象進行能量計算，對GLY-水團簇的能量計算同時進行了BSSE校正。通過對團簇GLY(H2O)n(1-3)采用ABEEM/MM進行各種性質的模擬并與從頭算的計算結果進行比較，擬合一套理想的GLY-水勢能模型參數，并將參數在毫無修改的情況下，直接轉移到團簇GLY(H2O)n(4-8)的計算中，與從頭計算相比同樣得到了比較理想的結果。首先研究了GLY單體的幾何構型，構型結果

3、與可獲得的實驗數據顯示了很好的一致性；根據對GLY中氮原子和氧原子以及它們的孤對電子的電荷分布的ABEEM/MM方法分析，可以解釋水與作用點形成氫鍵的強弱。繼而應用此模型研究了團簇GLY(H2O)n(n=1-3)的性質，包括優(yōu)化的幾何構型、偶極矩、ABEEM電荷分布、相互作用能以及氫鍵的協(xié)同效應等。這些研究結果與可獲得的實驗數據和從頭計算結果相比，都顯示了很好的一致性。為了驗證我們的GLY-水勢能模型的合理性以及參數的正確性和可轉移性，