應用454測序技術分析菌群結構的方法學研究.pdf

1、微生物以群落的形式廣泛存在于自然界中。群落的組成決定其生物功能。以454焦磷酸測序為代表的新一代測序技術憑借低成本、高通量、流程自動化的優(yōu)勢為研究微生物群落結構提供了新的技術平臺。然而,如何更好地利用454測序并進行后續(xù)的數(shù)據(jù)分析一直是廣受關注的問題。本研究從以下三個方面進行了探究。首先在本實驗室獲取的真實數(shù)據(jù)基礎上,模擬了分別由16S rRNA V1-V2, V3和V6區(qū)獲取的454片段組成的菌群結構信息,并與16S rRNA全長序列

2、獲得的群落結構進行比較。結果顯示,這些可變區(qū)均能獲得與全長序列相當?shù)娜郝浣Y構,但V6區(qū)反映的微生物多樣性過高,和全長序列在屬的水平上相關性較低。接著,在對現(xiàn)行454數(shù)據(jù)分析方法整合和改進的基礎上,建立了一套包含序列質量控制、序列比對、距離矩陣計算、操作分類單元劃分、多樣性分析、分類地位鑒定和系統(tǒng)進化分析等步驟的分析流程。用該流程對真實的454測序數(shù)據(jù)進行分析,得到了和16S rRNA全長序列相吻合的結果。同時發(fā)現(xiàn),樣本平均測序量為800