全基因外顯子測(cè)序技術(shù)探尋川崎病易感基因的研究.pdf

1、目的：對(duì)川崎?。↘awasaki disease，KD）病例進(jìn)行全外顯子高通量測(cè)序（Whole Exome Sequencing，WES），在全外顯子范圍內(nèi)探尋川崎病新的易感基因位點(diǎn)，并進(jìn)一步探討易感基因位點(diǎn)與并發(fā)冠狀動(dòng)脈損害（Coronary artery lesion，CAL）的關(guān)系。
　　方法：選取蘇州大學(xué)附屬兒童醫(yī)院就診的再發(fā)KD患兒6例，作為對(duì)照的健康兒童6例，提取外周血DNA，進(jìn)行全基因組外顯子高通量測(cè)序，通過(guò)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

2、生物信息分析篩選出候選易感位點(diǎn)，對(duì)候選易感位點(diǎn)進(jìn)行聚合酶連反應(yīng)（Polymerase chain reaction，PCR）擴(kuò)增和直接測(cè)序來(lái)檢驗(yàn)外顯子測(cè)序的準(zhǔn)確性，并將測(cè)序正確的候選易感位點(diǎn)再在50例KD患兒和49例健康兒童的擴(kuò)大樣本中分析，篩選出病例組和健康對(duì)照組中基因頻率有顯著差異的位點(diǎn)，即得到KD的目標(biāo)易感基因。在擴(kuò)大樣本的50例KD中再分為19例冠脈損害組和31例無(wú)冠脈損害組（Non-Coronary artery lesion

3、，NCAL），分析KD的目標(biāo)易感基因位點(diǎn)在這兩亞組中的等位基因頻率是否存在顯著差異，以探索KD并發(fā)CAL的風(fēng)險(xiǎn)等位基因。
　　結(jié)果：通過(guò)全外顯子測(cè)序和數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)生物信息分析，篩選出 SPEF2、EYS、SLC15A1、PTPN21、HLA-A這5個(gè)基因中的12個(gè)SNP位點(diǎn)為KD的候選易感位點(diǎn)，檢驗(yàn)這些候選易感位點(diǎn)外顯子測(cè)序準(zhǔn)確性，并在擴(kuò)大的KD病例和對(duì)照組中驗(yàn)證分析，進(jìn)一步證明了SLC15A1 SNPrs2274828為川崎病的目標(biāo)

4、易感基因位點(diǎn)。在擴(kuò)大的KD病例組中，SLC15A1 SNPrs2274828位點(diǎn)的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于健康對(duì)照組（p＜0.05），在CAL組SLC15A1 SNPrs2274828位點(diǎn)的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于NCAL組（p＜0.05）。
　　結(jié)論：⑴利用全基因外顯子測(cè)序的方法，對(duì)再發(fā)KD和健康對(duì)照進(jìn)行全外顯子捕獲和測(cè)序，通過(guò)對(duì)比分析發(fā)現(xiàn)SLC15A1可能為KD的易感基因。⑵SLC15A1 SNPr